Dette spillet er designet for å være morsomt for hele familien, og du kan spille som fanfavorittene Batman, Superman eller Wonder Woman i kampen mot Mr. Mxyzptlk, lurendreieren fra den femte dimensjonen, som har kommet for å skape kaos. Han er en av de mektigste superskurkene, med evnen til å manipulere tid og rom, og som også liker å lage sprell. Mr. Mxyzptlk har tilkalt Starro the Conqueror for å holde Justice League opptatt mens han blir den nye selvutnevnte borgermesteren i Happy Harbor.

Starro the Conqueror, det tankekontrollerende romvesenet, var en av de første skurkene som Justice League kjempet mot sammen i The Brave and the Bold nr. 28 i 1960, og han skaper kaos i byen. Spillerne må ut på actionfylte oppdrag og beseire horder av fiender ved hjelp av hver helts unike evner, fra Supermans Heat Vision og Super Breath til Wonder Womans Truth's Pull, for å gjenopprette freden. Fly, kast lasso og snu deg rundt i Happy Harbor for å løse gåter og låse opp antrekk og spesielle oppgraderinger for å tilpasse DC-superheltene i dette fargerike, åpne verdenseventyret. Spillerne kan også samhandle med de andre Justice League-medlemmene Green Lantern, Cyborg, The Flash og Aquaman, som dukker opp i løpet av spillet.