For å fullføre Samus oppdrag på planeten må du utforske ulike unike miljøer og støte på fryktelige farer og mystiske hemmeligheter. Bruk både nye og velkjente evner for å komme deg rundt, hold øye med kartet for å unngå å gå deg vill, og eliminer fiender med de kraftige våpnene dine.

Underveis vil du støte på låste dører, steder som virker umulige å nå og områder som er direkte livsfarlige for Samus å gå inn i. Ved å skaffe deg power-ups og oppgraderinger kan du ikke bare overvinne disse hindringene, men også oppdage nye veier og snarveier. Gå tilbake til steder for å oppdage nye gjenstander og de farligste monstrene som planeten ZDR kan by på!

Det blir ikke lett å komme seg vekk fra planeten igjen. Spesielt siden E.M.M.I. nå er langt farligere enn noen noensinne kunne forestille seg.

Det finnes spesielle soner med E.M.M.I. i forskjellige deler av planeten. Disse åh-så-dødelige maskinene er alltid på jakt, og oppdraget deres er å eliminere deg hvis de oppdager deg. Utforsk alle områder der E.M.M.I. er aktive, men prøv å snike deg inn, for hvis du blir oppdaget, er sjansen for å overleve liten. Hvis du blir oppdaget, må du prøve å løpe og håpe at du kommer deg unna i tide!

Samus' fart, smidighet og nye Phantom Cloak kan holde henne ett skritt foran E.M.M.I., men det skal noe langt kraftigere til for å stoppe dem for godt.

Dypt inne i hver sone kan du midlertidig aktivere Omega Cannon, det eneste våpenet som kan tilintetgjøre en E.M.M.I. Bare sørg for å holde en stødig hånd når du bruker den hvis du vil overleve!