Ingen blir tvunget til å bli med i en sekt. Den ønsker deg velkommen. Den forstår deg. Den omslutter deg til ordene blir mer enn sannhet - de gjør deg hel. På slutten av 1970-tallet leder det karismatiske ekteparet Isaac og Rebecca Walker Collective Justice Mission. De blir stemplet som radikale og føler seg forfulgt av den amerikanske regjeringen, og flytter tilhengerne sine til det eneste stedet de tror de kan skape en sosialistisk utopi: jungelen i Sør-Amerika. Der bygger de Freedom Town. Men slektningene som er igjen i USA, blir bekymret: Hva er det egentlig som foregår på dette jungelområdet? The Church in the Darkness kombinerer en unik fortelling med et stramt toppstyrt action-infiltrasjonsspill i et åpent miljø.

Som Vic, en tidligere politimann, reiser du til Sør-Amerika for å komme deg inn i Freedom Town og se til nevøen din, Alex. Du kan spille som du vil - du kan unngå å bli oppdaget, angripe vaktene med ikke-dødelige metoder eller drepe alle som kommer i veien for deg. Men du må leve med konsekvensene av de valgene du tar. Hver gjennomspilling byr på unike spillscenarioer og historieelementer, med ulike karakterpersonligheter og en skiftende historie som fortelles gjennom etterforskning og action. Sug til deg historien gjennom byens høyttalersystem, der predikantene deler sine dogmer og sin tro. Finn dokumenter og brev spredt rundt i leiren som gir deg ledetråder til Freedom Towns sanne natur.