Historien i Fate Seeker II forteller historien om Zhuge Yu, en opprørsk ungdom som med urokkelig besluttsomhet leder ham gjennom utfordrende veier av vekst og opprør. Zhuge Yu mistet foreldrene sine da han var ung. Det triste tapet av familien gjør at hjertet hans brenner av en sterk rettferdighetssans. Inspirert av foreldrenes tapperhet i kampen mot korrupsjon lover han å la skurkene betale for det de har gjort. Til ære for sine forfedres gode gjerninger er Zhuge Yu fast bestemt på å rense landet for korrupsjon og konfrontere uærlige embetsmenn.