Det er gått to år siden Stuart flyttet inn hos familien Little. Selv om Stuart stortrives, lengter han etter en venn på sin egen størrelse som bare er hans. En dag, på vei hjem fra skolen, møter Stuart den lille fuglen Margalo på fortauet. Hun har skadet vingen , og Stuart inviterer henne til å bo hos familien Little. De to blir bestevenner. Da Margalo forsvinner, er han overbevist om at det er den onde Falken som har kidnappet henne. Stuart og Snowbell setter derfor i vei på redningstokt til en av New Yorks høyeste skyskrapere. På veien møter han gamle venner og fiender, i et eventyr som går både til lands, vanns og ikke minst i lufta...

Musen er like liten og moroa like stor når Stuart Little - den lille helten med det store hjertet - er tilbake i et nytt eventyr. I originalversjonen hører vi stemmene til Michael J. Fox, Melanie Griffith, James Woods og Steve Zahn. Balnt de norske stemmene hører vi Aksel Hennie, Anneke von der Lippe, Håvard Bakke, Ingar Helge Gimle, Sven Nordin og Åsleik Engmark.