”Muhammed – et opgør” er en kritisk skildring af islams tilblivelseshistorie og af religionsstifteren Muhammed. På grundlag af en militariseret menighed i Medina opstod islam gennem voldelig underlægning af de omkringboende stammer og fordrivelse og udryddelse af anderledes troende. I forfatterens opfattelse var Muhammed præget af narcissisme, storhedsvanvid, paranoia og tvangstanker, og disse træk fik afgørende betydning for den måde, hvorpå Muhammed regulerede sin menighed. Her fjorten hundrede år efter Muhammeds død, er der efter forfatterens mening i islam et stærkt behov for et opgør med den tradition for voldelige religionsudbredelse og med den dyrkelse af Muhammed som det perfekte menneske, som i vidt omfang præger de islamiske samfund og den enkelte muslims liv.