Et lik driver i elven, innpakket i plast, i den lille byen Deer Meadow, Washington. FBI er involvert, men midt i etterforskningen forsvinner den ene agenten sporløst. Han blir erstattet av den intuitive spesialagenten Dale Cooper, som føler at morderen vil gjenta forbrytelsen sin. Et år senere, i Twin Peaks, lever Laura Palmer et selvdestruktivt liv som følge av barndommens traumer. Så dukker morderen opp igjen. Twin Peaks: Fire Walk with Me er spillefilmen som knytter sammen de løse trådene i den kulterklærte TV-serien, ved å fortelle hendelsene som gikk forut for serien.