I en fjern fremtid oppdager menneskeheten et hormon i den menneskelige hjerne som låser opp mentale krefter, som forandrer verden slik vi kjenner den. Mens menneskeheten utforsker disse nyvunne evnene, faller forvrengte mutanter (""Andre"") fra himmelen med en appetitt på menneskers hjerner. Mutantene blir ikke skadet av vanlige angrep og våpen, ekstreme tiltak er nødvendig for å stoppe trusselen og redde menneskeheten. Mennesker med psykokinetiske evner, såkalt Psionics, er vår eneste sjanse til å bekjempe trusselen ovenfra. Menneskehetens siste forsvarslinje, OSF (Other Supression Force), har siden oppsøkt og rekruttert Psionics, for å få slutt på trusselen en gang for alle.

I SCARLET NEXUS er det to historier. Du kan starte eventyret enten som Yuito Sumeragi, en energisk rekrutt fra en fin politisk familie, eller Kasane Randall, en mystisk speider som har gjort ham kjent i OSF. Spill gjennom begge historiene og opplev hvordan de er vevd sammen i denne Brain Punk-fremtiden der teknologien blir møtt av psykokinetiske evner.