Her i det første spillet starter Drakes reise med en 400 år gammel ledetråd han finner i Sir Francis Drakes kiste. Denne ledetråden fører ham ut på en reise til en glemt øy midt i Stillehavet. På øya blir han jaget av leiesoldater, og Drake og hans følgesvenner må kjempe for livet mens de løser gåten.

Drake blir lokket tilbake til den forræderske tyvenes verden, som han lenge har forsøkt å legge bak seg. Han legger ut på en ekspedisjon for å finne en gjenstand i den legendariske Shambhala-dalen i Himalaya.

I den tredje delen leter Drake etter "Atlantis av sand" og kastes ut på en farlig vandring gjennom den arabiske ørkenen. Det er en farefull reise når han støter på en okkult organisasjon.