Ruby og Sapphire går hver sin vei for å forsøke å oppnå drømmene sine på bare 80 dager. Men de fortsetter å støte på hverandre. Mens Ruby leter etter en vakker ny Pokémon i Dewford Town som skal hjelpe ham å vinne Pokémon-konkurranser, snubler han over Sapphire som utfordrer den lokale gymlederen for å forbedre kampferdighetene sine. 80-dagers turnéen rundt Hoenn er i gang, men veien videre er strødd med uventet hindringer og farer! "Ruby & Sapphire" er den fjerde historien i Pokémon-eventryene og består av totalt åtte deler.