Noe mystisk truer med å avsløre trolldomssamfunnet i New York anno 1926. Når Salmander Fisle nærmer seg slutten på en verdensreise for å forske på og redde fabeldyr, slipper gumpen Jacob Kowalski uforvarende løs noen av dem. Oppdraget med å redde dem fører en umake gruppe helter på kollisjonskurs med mørke krefter.