For å gjenoppbygge Phantasia, reiser Reimu for å finne fragmentene av minner. Nøkkelen til gjenoppbyggingen er Danmaku Kagura. For å gjenoppbygge Phantasia og avdekke sannheten om dets ødeleggelse, må Reimu samle Mitama-kort, fragmentene av minner. Reimus uendelige reise begynner.

Marisa begynner sin egen reise for å finne Reimu. Vil de to noen gang møtes øye til øye?

To forskjellige rytmespillopplevelser

Kagura-scenen
- I denne modusen treffer du tonene i riktig øyeblikk!
- Du kan stable opp kombinasjoner og få en høy poengsum ved å treffe tonene fortløpende gjennom de seks banene.
- Over 160 arrangerte Touhou-musikkstykker kan spilles med 4 forskjellige vanskelighetsgrader! Inkluderer musikk fra betalte DLC-er

Danmaku-scenen
- En helt ny spillopplevelse som kombinerer Danmaku shoot 'em up og rytmespill!
- Slå tonene på sidene rytmisk og gjør stor skade på sjefen!
- Fullfør oppdragene som er satt for hver etappe, og slå etappen!