Helena Tholstrup, operachef for Berliner Oper, skal modtage en ærefuld demokratipris af den tyske kansler. Den får hun, fordi hun trods trusler har insisteret på at gennemføre premieren på en kontroversiel opera. Helena glæder sig over, at hendes vanskelige datter Sophie vil komme til Berlin for at deltage i fejringen i selskab med sin nye kæreste Khalil. Helena er overrasket over sin datters valg af kæreste, men holder sin manglende begejstring for sig selv.
I det hele taget er der meget, Helena har holdt for sig selv indtil dette dramatiske døgn. Men nu tvinges hun omsider til at konfrontere sig med de ophobede hemmeligheder og løgne, der har løbet som en rød tråd gennem slægten i flere generationer.

I de sene nattetimer på Berliner Opers chefkontor må en presset Helena sande, at fortidens fortielser kan få fatale konsekvenser i en nutid, der forlanger en undskyldning.

Undskyldningen er en fortællinger i tre akter om begær og bedrag, sandhed og soning.